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黑龙江省科学院成立于1958年

前身为中科院黑龙江分院。首任院长由时任省委书记、副省长王一伦兼任。新成立的分院汇聚了马祖光、王致禄等国内顶级的知名专家学者,短短两年已拥有自然科学、社会科学、技术科学三大领域的17个研究所,职工2700多人,是当时省内最大的综合性研究单位。

1963年,分院在经济调整时被撤销。
1973年,建立黑龙江省科学院。
1975年,在文革后期再次被撤销。
1978年,黑龙江省科学院恢复建院。
1984年,成为由省委省政府直接领导的厅级事业单位。
2007年,

省科学院成为事业单位改革试点,几经整合,目前已成为黑龙江省最大的自然科学综合性科研机构。如今的黑龙江省科学院坚持以国家和全省战略需求为切入点,形成了学科布局合理、优势突出、特色鲜明的现代科研机构,在全省科技创新体系中发挥不可替代作用。